Duża liczba bifidobacteria żyje w jelitach zdrowych ludzi. Najbardziej typowym przedstawicielem są niemowlęta, które jedzą mleko matki . 99% swojej flory bakteryjnej jelit to Bifidobacteria. Ponieważ bifidobakterie mogą wytwarzać kwas octowy i kwas mlekowy, wartość pH w jelicie jest zwykle silnie kwaśna, dzięki czemu może hamować wzrost bakterii patogennych i zapobiec zakażeniu ludzkiego organizmu.
Właśnie dlatego niemowlęta, które piją mleko matki, mają mniej biegunki lub zapalenia jelit niż te, które piją mleko, a śmiertelność jest również niższa. Oczywiście dotyczy to nie tylko niemowląt, ale także niemowląt i dorosłych. Im więcej bifidobakterii dominuje w jelitach, tym mniej prawdopodobne jest, że będzie atakować patogeny i choroby zarażające.